По умолчанию не все приложения в Ubuntu 11.04 имеют доступ до системного лотка, список приложений, которые могут создавать собственные иконки в системном лотке можно получить командой
$ gsettings get com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist
Вывод этой команды должен быть таким в неизменном виде:
['JavaEmbeddedFrame', 'Mumble', 'Wine', 'Skype', 'hp-systray', 'scp-dbus-service']
Для того, чтобы разрешить создание иконок в системном лотке для всех приложений выполните команду: